De acuerdo con la Administración de Información de Energía de EE.UU. (EIA), el biodiesel obtenido a partir de aceite de origen animal o vegetal en vez de petróleo, es una alternativa viable a los combustibles diesel tradicional. Sin embargo, mientras que se quema más limpia y más respetuosa del medio ambiente que el petróleo diesel, biodiesel usuarios deben lidiar con algunos problemas específicos. Compatibilidad con los motores más nuevos

contribuyente "Mecánica Popular" y biodiesel entusiasta de Dave Hubbard dice que el principal problema con el biodiesel es su falta de compatibilidad con los motores nuevos. Hubbard dice que hasta el año 2007, todos los motores diesel eran compatibles con B100 - biodiesel puro. En 2007 la Agencia de Protección Ambiental de EE.UU. (EPA) por fases en las normas de emisiones nuevas y fabricantes de motores diesel rediseñado sus sistemas de inyección de combustible para cumplir con ellos. Sin embargo, estos motores renovados están diseñados para el petróleo diesel, biodiesel no, y sólo pueden tolerar biodiesel en pequeñas cantidades, dice Hubbard.
Degradabilidad

Incluso en pre-2007 motores diesel, el biodiesel puede causar algunos problemas. Según un artículo publicado en la revista "Noticias Diesel Fuel" en 2000, aunque "degradabilidad" de biodiesel (como en, "biodegradable") es un punto de venta, esta calidad puede conducir a la corrosión del motor. De acuerdo con un grupo de fabricantes de equipos de inyección de combustible citados en el artículo, el biodiesel puede "corroer los inyectores de combustible, los fallos de causa junta de elastómero, conducen a la obstrucción del sistema de combustible, la bomba de causar convulsiones, causar inyector de combustible aerosol agujero de bloqueo y la presión de inyección aumento."

Costo de producción y disponibilidad

Según el EIA, el alto costo de la utilización de aceite de soja para producir biodiesel y la escasa disponibilidad de insumos de biodiesel más baratos, como el amarillo grasa, hacen que sea difícil para el biodiesel para competir en el mercado con petróleo diesel.